Na wniosek Ekstraklasy SA uchwałą zarządu PZPN z 26 września 2008 roku wprowadzone zostały zmiany w regulaminie rozgrywek o Puchar Ekstraklasy.

Wyciąg z uchwały:
Drużyny biorące udział w Pucharze Ekstraklasy uprawnione są do wymiany sześciu zawodników, z czego trzy zmiany mogą nastąpić w przerwie meczu, a trzy mogą nastąpić przez cały okres trwania gry. Każda wymiana zawodnika może nastąpić tylko jeden raz w ciągu meczu, po uprzednim zgłoszeniu sędziemu wymiany i dopełnieniu formalności wpisania przed zawodami do protokołu imion i nazwisk nowo wchodzących do gry.