Wojciech Zieliński trafił z GKS Wikielec w lipcu 2019 roku. Początkowo w Gdyni występował w drużynie Arki U17 prowadzonej przez trenera Krzysztofa Janczaka. W sezonie 2021/22 był podstawowym zawodnikiem drużyny juniorów starszych Roberta Wilczyńskiego, która w sezonie zdobyła wówczas wicemistrzostwo Polski CLJ U18. Zagrał tam w 29 meczach i zdobył dwie bramki.
Od ubiegłych rozgrywek jest pełnoprawnym zawodnikiem seniorskiej drużyny, z której w lutym 2024 roku został wypożyczony do Raduni Stężyca. Wiosną w 2. Lidze zagrał w 14 meczach i zapisał asystę. W trwającym sezonie zagrał w siedmiu meczach.