Tylko w jednym sezonie Arka potykała się z Puszczą Niepołomice. Doszło do tego w historycznym, bo pierwszym sezonie na zapleczu Ekstraklasy klubu z Małopolski, rozegranym w latach 2013/2014.
Oba spotkania z tamtych rozgrywek dostarczyły nadzwyczaj dużo emocji. Pierwszy mecz rozegrano w Niepołomicach i choć Arka była faworytem, prowadzenie objęli gospodarze. Radość zawodników Puszczy nie trwała jednak długo, bo jeszcze przed przerwą gdynianie zdołali zdobyć dwie bramki. Po zmianie stron obie drużyny nadal myślały głównie o zdobywaniu bramek i w efekcie mecz zakończył się efektowną wygraną żółto‑niebieskich 5:2.